计算机学院（FC）的历史始于1981年，当时它被称为计算机科学系，隶属于理学院。该系在吉隆坡古尼路大学开始运作，并在那里招收了第一批计算机科学综合课程的学生。该课程整合了计算机科学的文凭与理学士课程。1984年，该系成立了计算机科学研究所，由学术单位和行政计算单位组成。

1991年，该学院从行政计算单元中分离出来，并被提升为院系，称为计算机科学和信息系统学院。这一年也标志着计算机科学的科学硕士（MSc）和哲学博士（PhD）的首次招生。新学院的成立，学生和员工人数的增加，以及对设施的需求，导致在1995年搬迁到位于柔佛州斯库台的UTM主校区。

随着时间的推移，由于高质量的研究生学术课程的普及，该学院的学生数量明显增加。研究生和工作人员的数量，以及对更先进设施的需求，导致在2012年增加了5层楼的建筑，以提供一个有利的教学、学习和研究环境。

2013年1月，学院再次取得重大进展，将学院的名称从计算机和信息系统学院重新命名为计算机学院。品牌化的组织结构调整和加强学术课程以及教师的研究将有望使其符合大学的愿景，即被公认为世界级的学术和技术卓越中心。